SanCor tuvo origen en la asociación de cooperativas constituidas por productores de leche, ubicadas en la zona limítrofe de las provincias de Santa Fe y Córdoba.

Las instituciones fundadoras eran pequeñas empresas dedicadas a la elaboración de crema y caseína; por consiguiente, el fin primario de su unión fue la elaboración de manteca, a partir de la crema aportada entre todas.
El acuerdo que dio nacimiento a SanCor ocurrió en Sunchales (Santa Fe), en el año 1938; allí también comenzó a operar la primera fábrica, en octubre de 1940.

Había por entonces ya una buena cantidad de cooperativas tamberas, diseminadas en una vasta región que comprendía varias provincias. Los resultados satisfactorios de SanCor indujeron a muchas de ellas a sumarse al grupo fundador, mientras que también surgían otras más, respondiendo a la decisión de tamberos deseosos de incorporarse a la nueva "cooperativa de cooperativas".

Así, en pocos años, SanCor alcanzó un rápido desarrollo y se expandió por toda la actualmente llamada cuenca lechera central argentina. A la primitiva elaboración de manteca, fundamento de prestigio nacional e internacional, siguieron incorporándose otras actividades industriales, que consolidaron a la empresa de los productores de leche y le confirieron el liderazgo de la lechería del país. Contribuyó también a ello la fluida interacción entre las actividades industriales y la producción primaria, que permitió a los tambos y cooperativas asociadas acompañar con crecimientos cuantitativos y cualitativos la evolución de la empresa común.

En el año 2005, y luego de 67 años bajo el modelo de segundo grado, se abre un nuevo telón para esta empresa láctea.
SanCor modifica su estatuto para permitir una actuación directa de la cooperativa con los productores que decidan asociarse en forma individual y con las cooperativas que quieran continuar siendo asociadas.

El actual sistema representativo y de gobierno de SanCor se basa en una combinación de derechos por cooperativa y por volumen productivo, que procura la equidad en las obligaciones y beneficios institucionales. Las asambleas, como autoridad suprema, un Consejo de Administración, la Comisión Fiscalizadora y el Comité de Dirección, integrados por productores asociados activos, son los órganos de conducción.

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